3D追踪斑马鱼

3D追踪斑马鱼

发布的 克里斯汀Buske 2012年11月22日星期四- 3分钟阅读

斑马鱼是一种令人兴奋的,但仍然相对较新的模式生物,在行为神经科学中越来越受欢迎。我们强调了最近广泛使用斑马鱼的行为研究,但与其他模型相比,进入该领域的人可用的教科书或协议很少。与小鼠和大鼠的表现型相比,斑马鱼群落还有很长的路要走。不仅涉及到协议开发和手册的可用性,而且涉及到专业培训。

在斑马鱼行为神经科学和神经表型研讨会上跟踪斑马鱼的3D

认识到缺乏动手教育,卡鲁耶夫博士开始组织斑马鱼行为神经科学和表现型研讨会。这些研讨会在2012年10月神经科学学会年会前后举行。这两项活动的结合吸引了来自世界各地的研究人员加入到关于斑马鱼行为神经科学的活跃讨论中。

我也很高兴参加了这个研讨会。我参加会议的个人原因是满足我对成年斑马鱼高通量筛选和自动视频跟踪的兴趣。这是一个非常有前途的领域,已经开发出了优秀的工具。然而,该领域仍处于探索阶段。最主要的原因是,与啮齿类动物模型相比,所使用的行为范式没有明确的标准化。卡鲁耶夫博士展示了他的工作,利用开放的场地和斑马鱼,以及一个浅滩范例。从表面上看,我自己的工作也使用了开放领域和浅滩范式,但我们的工作是类似的或完全可比较的吗?不。我相信这两种方法都显示出了希望,并达到了各自的目的,但我的开放场比卡鲁耶夫博士实验中的开放场大了几个数量级。这些不同的方法只是说明,在斑马鱼行为研究领域,我们还没有建立许多可靠的标准化测试。 Different arena sizes could continue to be used depending on the hypothesis or goal of the study. This is the case for rodent studies as well, but for zebrafish not all approaches have been extensively validated yet.

最近,一些描述斑马鱼协议的书籍出版了。这些提供了一个有价值的框架,但已建立的协议的数量并不像啮齿类动物文献中那样广泛。随着斑马鱼研究的发展,积极的讨论和合作将是高质量研究的驱动力。这次研讨会为我们提供了一个很好的起点。

研讨会的重点是行为表现型,特别是行为使用的自动跟踪EthoVision XT.EthoVision的一个特别突出的方面是Noldus的最新开发之一:Track3D.这个EthoVision插件可以使用两个摄像头在三维空间中跟踪一个主题。传统上,2D跟踪已经成为规范,但3D跟踪可能在表现型行为时提供一些额外的见解或好处。卡鲁耶夫博士用他的实验室对接触尼古丁和LSD的斑马鱼所做的研究完美地说明了这一点。每种化合物产生的痕迹在2D中看起来有些相似,但在3D中评估时却提供截然不同的模式。









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目前,在研讨会上展示的数据是在3D中跟踪的一条鱼。我的工作一直围绕着浅滩,我认为3D追踪是这一领域的绝佳机会;最后,我们将能够可靠地跟踪每一条鱼,而不会有任何鱼被跟踪程序“切换”或“丢失”。这将我们的讨论引向了“浅滩化”,以及卡鲁耶夫博士的“浅滩化”范式。积极的面对面讨论,这多亏了研讨会,提出了一些有趣的差异,我们认为什么是浅滩或群体行为。卡鲁耶夫博士在一个标准的家庭鱼缸里放了四条鱼,并测量了药物对鱼群的影响。我解释了我的范例,我在一个非常大的舞台上用了10条鱼,试图模拟鱼群。

当我们从表面上看我们的每一篇论文时,我首先会认为我们研究浅滩的方式非常不同,我们的结果不能相互比较。事实上,仔细观察就会发现,虽然我们对浅滩的测量可能略有不同,浅滩的大小也有所不同,但每种方法都能够回答设计方法的问题。如果没有积极的讨论,这些微妙之处可能不会那么容易暴露出来。我的研究集中在大开阔区域的自然浅滩行为,但为了进行药物筛选,卡鲁耶夫博士要求在一个较小的水箱中设置一个小浅滩。作为科学家,我们必须参与积极的讨论,以便更好地理解我们是如何研究的,更重要的是为什么要研究。像这样的研讨会,是进行这项研究的最佳场所。

“我们希望这次研讨会将涵盖连接幼体和成年斑马鱼研究的需求,并改善研究啮齿动物和水生模型的专家之间的对话。最终,这将促进脑障碍的创新跨领域和跨物种翻译建模。”卡鲁耶夫表示。

由于这次活动的成功,类似的研讨会将在2012-2013年期间每月举行一次。

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